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YAKUZEN 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 薬膳レシピ - 食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベース CC 表示-継承
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PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法
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NITE NBRC Yeast Image Collection 独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター 川崎 浩子 画像 酵母 酵母の3種の形状(細胞、菌糸、胞子)画像と、撮影時の培地条件に関するデータを収録したデータベース CC 表示-継承
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GlycoProtDB 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センターグライコプロテオーム解析チーム 梶 裕之 構造―糖 線虫、マウス、ヒト 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 CC 表示-継承
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PCDq 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター 今西 規 タンパク質 ヒト 予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap2000 農業生物資源研究所 佐々木 卓治 DNAマーカー イネ イネの高密度連鎖地図(2000年版)作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース CC 表示-継承
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TMBETA-GENOME 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター グロミハ マイケル タンパク質 古細菌、真正細菌、真核生物 ゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベース CC 表示-継承
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DNA ProbeLocator 産業技術総合研究所 日紫喜 光良 DNA配列 ヒト 多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングしたデータベース CC 表示-継承
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OpenPML バイオ産業情報化コンソーシアム - 遺伝型-表現型データ記述形式 - 遺伝型-表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap98 農業生物資源研究所 佐々木 卓治 DNAマーカー イネ イネの高密度連鎖地図作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース CC 表示-継承
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RPSD 農業生物資源研究所 山崎 俊正 立体構造 イネ イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関するデータベース CC 表示-継承
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RGP gmap 農業生物資源研究所 美濃部 侑三 DNAマーカー イネ イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーのデータベース CC 表示-継承
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KAIKOcDNA 農業生物資源研究所 末次 克行 cDNA カイコ カイコの部分的cDNA配列にアノテーションを付与したデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK MetalMine 前橋工科大学 生命情報学科 生命情報化学研究室 中村 建介 タンパク質 生物全般 金属イオン結合タンパク質のデータベース CC 表示-継承
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おもしろい糸状菌 農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター - 図鑑 菌類 海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真、学名、形態の説明をまとめたデータベース CC 表示-継承
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PLACE 農業生物資源研究所 肥後 健一 発現制御 植物 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説等を付加したデータベース CC 表示-継承
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SEVENS 産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター 諏訪 牧子 タンパク質 真核生物 7本膜貫通ヘリックス型タンパク質GPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Bicycle 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 各種藻類 藻類タンパク質二次代謝反応の情報を集めたデータベース CC 表示-継承
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GenLibi 科学技術振興機構 - 文献 ヒト、マウス、ラット JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患/表現型を提供するデータベース CC 表示-継承
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Integbioデータベースカタログ バイオサイエンスデータベースセンター - カタログ - 生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースの説明や生物種などの属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベース CC0
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KNApSAcK FoodProcessor 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 植物、動物、菌類、藻類 レトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された加工食品の成分に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK DietDish 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 生物全般 食材間の食べ合わせ情報に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 生物全般 代謝物の生物活性情報に関するデータベース CC 表示-継承
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Trypanosomes Database 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム 菅原 秀明 タンパク質 トリパノソーマ、ヒト トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素のデータベース CC 表示-継承
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Q-TARO 農業生物資源研究所 米丸 淳一 QTL イネ 文献から集めたイネのQTL情報のデータベース CC 表示-継承
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AT Atlas 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム 菅原 秀明 その他の分子生物学データベース、実験解析技術・方法 生物全般 ターゲットタンパク研究プログラムで開発された技術の図解のデータベース CC 表示-継承
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TP Atlas 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム 菅原 秀明 代謝系/シグナル伝達経路 ヒト、細菌、各種モデル生物 ネットワーク図をプラットフォームとしたターゲットタンパク研究成果データベース CC 表示-継承
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RMG 農業生物資源研究所 門脇 光一 DNA配列 イネ イネのミトコンドリアゲノムの配列や解析結果のデータベース CC 表示-継承
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KOME 農業生物資源研究所 菊池 尚志 cDNA イネ イネ完全長cDNAプロジェクトにおいて収集、全長塩基配列が決定されたイネ由来の完全長cDNAクローンの情報を収録したデータベース CC 表示-継承
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BodyParts3D ライフサイエンス統合データベースセンター 大久保 公策 器官 ヒト 解剖学用語が示す人体の部品(臓器、器官)の位置と形状を3次元人体モデルで記述したデータベース CC 表示-継承
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WINGpro 科学技術振興機構 - カタログ - ライフサイエンス分野のデータベースの情報収集、整理、分類したデータベース CC 表示-継承
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生物アイコン バイオサイエンスデータベースセンター 大久保 公策 画像 生物全般 細菌から動植物まで200種以上の生物種の画像(アイコン)を収録したデータベース CC 表示
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KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 生物全般 食用植物、健康促進や薬用効果のある植物などについてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK DietNavi 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 生物全般 食材と生活習慣病の関係性についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK WorldMap 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 生物全般 世界の薬用植物と使用国の関係についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK KAMPO 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 植物、動物、菌類、藻類 生薬と漢方処方の効能に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 植物、菌類、藻類 インドネシア生薬に関するデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 植物、菌類、藻類 食用/薬用植物等と活性との関係についてのデータベース CC 表示-継承
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KNApSAcK Motorcycle 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 金谷 重彦 代謝 植物、細菌、菌類など 植物、細菌、菌類などの有効成分の生合成過程に関する二次代謝反応データベース CC 表示-継承
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生命科学系主要プロジェクト一覧 バイオサイエンスデータベースセンター 西川 哲夫 カタログ - 日本国内の主要プロジェクトに関する情報(体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等)を収集したカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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ゲノム解析ツールリンク集 科学技術振興機構 - カタログ - 分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集 CC 表示-継承
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Webリソースポータルサイト 科学技術振興機構 - カタログ - バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたデータベース CC 表示-継承
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eSOL 文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム 田口 英樹 蛋白質 大腸菌 試験管内合成系で大腸菌の全タンパク質を発現した際の凝集の度合い(可溶率)と、シャペロンによる凝集抑制効果のデータベース CC 表示-継承
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tRNADB-CE 新潟大学 工学部情報工学科バイオインフォマティクス研究室 阿部 貴志 RNA配列 原核生物 世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース CC 表示-継承
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GDBS 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報センター 五條堀 孝 遺伝子多型 ヒト 多因子性疾患(関節リウマチ、尋常性乾癬、摂食障害)に関する遺伝子多型情報タイピングにより解析したデータベース CC 表示-継承
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ClEST 産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ 森山 実 cDNA トコジラミ トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース CC 表示-継承
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Open TG-GATEs 病理写真データベース 医薬基盤研究所 トキシコゲノミクスプロジェクト トキシコゲノミクスデータベース ラット 160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース CC 表示-継承
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Open TG-GATEs 医薬基盤研究所 トキシコゲノミクスプロジェクト トキシコゲノミクスデータベース ヒト、ラット 170の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現毒性のデータベース CC 表示-継承
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DIAM - 微生物情報 バイオインダストリー協会 - 文献 微生物全般 (ウイルス、真正細菌界、古細菌界、菌界、原生生物界を含む) 微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報データベース CC 表示-継承
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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制 バイオインダストリー協会 - 文献 - 国内外のバイオセイフティ関連の法規制についての文献集およびQ&A CC 表示-継承
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GenoBase ver.6 奈良先端科学技術大学院大学 生体情報学講座 森 浩禎 DNA配列、遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 大腸菌 大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース CC 表示-継承
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Mouse B6N BAC Clone Database 理化学研究所バイオリソースセンター 実験動物開発室 吉木 淳 DNA配列 マウス マウス (C57BL/6N系統)BACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース CC 表示-継承
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DGBY 農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所 安藤 聡 発現 酵母 パン酵母遺伝子製パン関連ストレス下での発現と破壊株表現型を網羅的に解析したストレス耐性に関するデータベース CC 表示-継承
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Fluorome 早稲田大学 教育学部理学科 園池 公毅 変異体・表現型 シアノバクテリア 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース CC 表示-継承
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INOH 東京大学大学院医科学研究所 高木 利久 代謝系/シグナル伝達経路 各種モデル生物(ヒト、マウス、ラット)を含む 専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識(パスウェイ)を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース CC 表示-継承
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The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis 農業生物資源研究所 篠村 知子 表現型 イネ イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース CC 表示-継承
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FANTOM web resource 理化学研究所 オミックス基盤研究領域 林崎 良英 発現 ヒトマウス CAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース CC 表示-継承
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Medaka Full-length cDNA Database 自然科学研究機構 基礎生物学研究所 進化多様性生物学領域 バイオリソース研究室 成瀬 清 cDNA メダカ メダカ近交系Hd-rRⅡ1完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列データベース CC 表示-継承
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D-HaploDB 九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 林 健志 多型 ヒト 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムハプロタイプと連鎖不平衡構造のデータベース CC 表示-継承
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RIKEN SSBC 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域 横山 茂之 立体構造 ヒト、マウス 高等動植物等タンパク質結晶観察画像・X線回折画像・付随実験情報のデータベース CC 表示-非営利-改変禁止
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Micro-Tom BAC End Sequence Database 筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター 浅水 恵理香 DNA配列 トマト トマト品種マイクロトムBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース CC 表示-継承
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PGE 科学技術振興機構 ERATO土居バイオアシンメトリプロジェクト 発現 マウス マウス胚の初期発生における遺伝子発現パターンデータベース CC 表示-継承
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MDeR 科学技術振興機構 - メタデータ要素 - ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト CC 表示-継承
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Plabrain DB 京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座 阿形 清和 発現, 局在 プラナリア プラナリア神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したデータベース CC 表示-継承
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MAGEST 東京大学 医科学研究所 真壁 和裕 cDNA マボヤ マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース CC 表示-継承
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Medaka EST Database 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座動物発生学研究室 武田 洋幸 cDNA、発現 メダカ メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、medaka microarray 8Kのデータ CC 表示-継承
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Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population 九州大学 生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 山本 健 多型 ヒト 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース CC 表示-継承
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TMPDB 弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科 清水 俊夫 蛋白質 生物全般 膜貫通トポロジーモデル各種トポロジー予測法の性能検証結果のデータベース CC 表示-継承
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RA target genes in the Ciona embryo 高知大学 理学部 応用理学科 藤原 滋樹 発現 カタユウレイボヤ カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補マイクロアレイによる発現解析Whole mount in situ hybridizationによる画像のデータベース CC 表示-継承
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DIAM - 安全性に関する文献 バイオインダストリー協会 - 文献 - バイオテクノロジーにおける安全性に関する文献情報データベース CC 表示-継承
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DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識 バイオインダストリー協会 - 文献 - バイオテクノロジーの安全性についての解説、用語説明、Q&A CC 表示-継承
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The NAISTrap database 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座 石田 靖雅 変異体・発現 マウス 遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベース CC 表示-継承
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DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database 首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室 相垣 敏郎 変異体 ショウジョウバエ ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のデータベース CC 表示-継承
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EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones 熊本大学 生命資源研究・支援センター 荒木 正健 変異体 マウス マウスの可変型遺伝子トラップクローンのデータベース CC 表示-継承
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Transposon insertion site database - germline 大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学 堀江 恭二 変異体 マウス Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース CC 表示-継承
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KTmAbDB - C.elegans Monoclonal Antibody Collection 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム 杉本 亜砂子 局在 線虫 線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース CC 表示-継承
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Atlas (ISH Data Base) 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 漆原 秀子 発現 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの CC 表示-継承
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database 京都工芸繊維大学 林 茂生 変異体・発現 ショウジョウバエ ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース CC 表示-継承
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WorTS - Worm TS mutant Database 大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野 中村 邦明 変異体・表現型 線虫 線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース CC 表示-継承
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AcEST 首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室 鐘ヶ江 健 cDNA シダ シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース CC 表示-継承
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Dicty_cDB - Dictyostelium cDNA Database 筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 漆原 秀子 cDNA 粘菌 Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 (相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等)の情報を収録したもの CC 表示-継承
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Gclust Server 東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系 佐藤 直樹 蛋白質配列 95生物種 総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース CC 表示-継承
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Budding yeast cDNA sequencing project 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 伊藤 隆司 cDNA 酵母 出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース CC 表示-継承
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Yeast Interacting Proteins Database 東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 伊藤 隆司 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 酵母 Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース CC 表示-継承
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database) 東京大学 医科学研究所 宮野 悟 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ ヒト、哺乳類 マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース CC 表示-継承
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Arabidopsis thaliana EST index かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA シロイヌナズナ シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Chlamydomonas reinhardtii EST index かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA クラミドモナス クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Lotus japonicusEST index かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ミヤコグサ ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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Trifolium pratense EST index かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 中村 保一 cDNA ムラサキツメクサ ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 CC 表示-継承
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生命科学系データベースカタログ バイオサイエンスデータベースセンター 川本 祥子 カタログ - 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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生命科学系学協会カタログ バイオサイエンスデータベースセンター 川本 祥子 カタログ - 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 CC 表示-継承
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施設名辞書 ライフサイエンス統合データベースセンター 大久保 公策 辞書 - 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 CC 表示-継承
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遺伝子名称シソーラス ライフサイエンス統合データベースセンター 大久保 公策 辞書 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌) 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 CC 表示-継承
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